侵犯商业秘密罪无疑是结果犯罪，给商业秘密权利人造成重大损失是区分刑事犯罪还是民事侵权的分水岭。
何为重大损失，立法并没有作出解释。2010年5月7日，最高人民检察院、公安部发布的《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》中规定侵犯商业秘密，涉嫌下列情形的应予以追诉：
1.给商业秘密的权利人造成损失数额在50万元以上的；
2.因侵犯商业秘密违法所得数额在50万元以上的；
3.致使商业秘密权利人破产的；4.其他给商业秘密权利人造成重大损失的情形。
重大损失应当仅限于经济损失，但由于在损失数额认识上的差异，对于入罪标准的仍然难以把握，直接影响到对该类犯罪正确处理，那么实践中一般如何计算损失额呢？重庆李章虎律师总结计算方式主要有成本说、价值说、损失说、获利说、转让费说等几种主要方法。但这些方法的计算，与商业秘密不同于普通财产的特殊性并不完全相应，其中任何一种方法都有不全面或者不完全合理的缺陷。只有根据每个具体案件具体分析，根据不同的情况选择相对合理的标准，予以认定，具体讲，有以下几种思路：
1、直接计算损失法。即直接计算权利人在被侵权期间失去的利润，可采取对比分析法，比较侵权期间的上一年度，相同时间段，相同生产量的情况的获利，利润的缩减量就是其侵权期间的直接经济损失。这种方法主要运用在市场行情相对稳定，权利人生产、经营处于连续状态，生产、经营的记载数量资料齐备，企业没有处于破产或者倒闭等状态的情形。
2、成本计算法。审计核算权利人研究、开发、生产、保护商业秘密投入的费用，累计得出总额。这种方法主要运用在权利人开发商业秘密不久尚未投入生产和经营，即被侵犯，致使商业秘密在行业内广为扩散、传播，使其权利人研究、开发技术和经营信息完全丧失秘密性已经无采取保密措施之必要的条件下。
3、许可使用费用法。即以权利人对商业秘密许可他人使用的同等条件下的合理价格确认。这种方法主要运用在权利人对商业秘密已与他人进行有偿许可使用的先例，且相距时间较近的情形。或者权利人与侵权人曾就商业秘密有偿使用达成过协议，后侵权人以种种借口不履行合同。
4、计算侵权人获利法。在前面三种方法适用条件均不具备，权利人的损失难以计算的情况下，可以通过反向思维，把权利人的损失额作为侵权人在侵权期间因侵权行为所获得的利润。这种方法虽然在反不正当竞争法有明文规定的，但是要运用到刑事司法中，要特别慎重。是计算销售利润、还是营业利润、还是净利润，是否包括预期利益，立法和司法解释没有明确。笔者认为，刑法上所规定的损失数额的计算方法与民法上规定的损失金额的计算方法不同。除法律有特别规定之外，在刑法上只计算犯罪行为直接引起的损失数额，这也与最高人民检察院、公安部对此罪规定的立案标准即统计直接经济损失的规定一致。而在民法、行政法上的损失金额不仅要计算本金还要计算利息，还要计算可能产生的收益。侵犯商业秘密罪直接损失认定，采用侵权人获利额时应当是已经实际获利和必然获得的利益，一般以销售收入-销售成本=销售利润的公式予以计算，也可以销售额乘以平均利润率为计算公式。
5、破产或者其他重大损失的认定
司法解释将侵犯商业秘密罪“重大损失”的另一个标准规定为致使权利人破产或者造成其他重大损失。实践中，对于致使造成权利人破产的认定，不一定以法院宣告破产为标准，因以此为标准，将使刑事案件因破产案件审理期限较长而影响对此类案件及时侦破和查处，应作宽泛理解，致使权利人丧失竞争优势，企业被迫处于倒闭、停产、歇业等情形，可视为此种情形。造成其他严重后果，在目前没有明确司法解释的情况下，笔者认为，可将下列情形认定为其他严重后果：1.导致权利人商品滞销，严重积压的；2.致使权利人的营利性服务严重受挫的；3.侵权人将其非法所得的商业秘密多次或者向多人披露、使用或者允许他人使用的。（注解：上述引用重庆市第一中级人民法院，黄旭法官文章） 6、以商业秘密权利人收入的减少额为标准；例如，A公司该公司自2007年9 月初业绩开始下滑, 月销售收入较8月下跌15.63%,计699万元。因此法院认定侵犯商业秘密行为造成公司的客户流失、营业额下降及利润下降等重大经济损失,认定侵犯商业秘密罪成立。但是，这种认定方式在司法实践中基本没有得到运用，主要是因为对权利人损失的认定方式是建立在权利人因侵权造成销售量减少的基数之上，基于市场竞争的不确定因素, 产品销售量的减少也不一定完全是侵权行为造成的结果;即使侵权行为确实造成了权利人产品销售量的减少, 公诉机关往往也无法证明两者之间的因果关系, 更别说认定减少的产品销售量的具体数额了。
7、以犯罪嫌疑人侵犯商业秘密违法所得额为标准，此种方式成为判决书中认定“重大损失”最主要的方式，[2]对如何计算侵犯商业秘密违法所得额，实践当中又有以下几种方法：
一是以被告人因犯罪所获得的利润来计算违法所得额，例如，B公司生产侵权产品75000套，每套侵权产品的单位毛利为8元/套，据此，法院认定被告人的实际非法获利额为75000乘以被告人的单位毛利率8元每套,合计人民币60万元。
二是以第三人的销售收入乘以同行业的平均利润率来认定“重大损失”，例如,被告人某甲将权利人的商业秘密透露给第三人使用，第三人据此获得了标的额达1500万元的合同。法院判决书认定,由于第三人到底获得了多少利润通过现有财务账目无法确定,因此, 可按照同行业该领域平均利润率为12%的专家评估意见计算, 即标的额1500万元乘以12%的该领域的平均利润率,合计180万元。
8、权利人为制止侵权行为所花费的合理费用等因素
以下为法律依据： 1、《刑法》
第二百一十九条 有下列侵犯商业秘密行为之一，给商业秘密的权利人造成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；造成特别严重后果的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金：
（一）以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密的；
（二）披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的；
（三）违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。
明知或者应知前款所列行为，获取、使用或者披露他人的商业秘密的，以侵犯商业秘密论。
本条所称商业秘密，是指不为公众所知悉，能为权利人带来经济利益，具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。
2、《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》
第七条 实施刑法第二百一十九条规定的行为之一，给商业秘密的权利人造成损失数额在五十万元以上的，属于“给权利人造成重大损失”，应当以侵犯商业秘密罪判处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
给商业秘密的权利人造成损失数额在二百五十万元以上的，属于刑法第二百一十九条规定的“造成特别严重后果”，应当以侵犯商业秘密罪判处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
第十五条 单位实施刑法第二百一十三条至第二百一十九条规定的行为，按照本解释规定的相应个人犯罪的定罪量刑标准的三倍定罪量刑。
3、《最高人民法院关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》
确定反不正当竞争法第十条规定的侵犯商业秘密行为的损害赔偿额，可以参照确定侵犯专利权的损害赔偿额的方法进行；确定反不正当竞争法第五条、第九条、第十四条规定的不正当竞争行为的损害赔偿额，可以参照确定侵犯注册商标专用权的损害赔偿额的方法进行。
因侵权行为导致商业秘密已为公众所知悉的，应当根据该项商业秘密的商业价值确定损害赔偿额。商业秘密的商业价值，根据其研究开发成本、实施该项商业秘密的收益、可得利益、可保持竞争优势的时间等因素确定。
4、《专利法》
侵犯专利权的赔偿数额按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定。权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。
权利人的损失、侵权人获得的利益和专利许可使用费均难以确定的，人民法院可以根据专利权的类型、侵权行为的性质和情节等因素，确定给予一万元以上一百万元以下的赔偿。
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